� Decode
� � A.Granger 98
�
( ��decode_control(n$,display)
2)�clear_vars:n$=�case(n$,1):�metsearch
</poly=�findtext("POLY"):cis=�findtext("CIS")
F6trans=�findtext("TRANS"):cyclic=�findtext("CYCLO")
PEn$=�removespaces(n$):pos=�n$:fn=�functional_group:pos-=�fn$(fn,0)
Z�fn=0 �error$+="N"
d�extrafnstuff
n'�fnposs(1)=0 �fnposs(1)=�attr(fn,6)
x'length=�attr(fn,3):benz=�attr(fn,2)
�<�attr(fn,0) � length=�chainlength:pos-=�length$(length)
��length=0 �error$+="L"
�
�length �
��cleanfnposs
��benz �cyclic=1
��attr(fn,2)=0 ��ifphenyl
�!�pos>0 ��break_down_beginning
�0�ester �length2=length:length=ester+length+1
��sortbonds
��clean_up_data
�pos$=�positions
��assign_positions
��fnposs(2) ��sortpos

:prev$=�putbacktogether(0):prevs$=�structural(1,length)

�phenyl ��phenolize

�met ��ifmet

"�ester ��ester

,�poly ��parrot

6�cis � trans ��cistrans

@�errorreport(error$)

J�fatal=0 �display �

T�carbon_cords

^�plotcarbs

h�length>1 ��drawbonds

r�sticks

|�extragraphics

�
pass=1

�s$=�structural(1,length)

�!�poly �s$="-[-"+prevs$+"-]n-"

�name$=�putbacktogether(1)

��display<2 �

�(�attr(fn,5) �pst$=�primary �pst$=""

�X�memprint(mn_x+10,mn_y-30,8,name$+" "+pst$):�memprint(mn_x+10,mn_y-10,8,s$):mn_y-=10

��title(drawwin%,name$)

��

��

��

�+�error$>"" ��errorreport(error$):pass=0

�)�display=0 �name$=�putbacktogether(1)
�closewin(drawwin%)
+�error$="" �display ��openwin(drawwin%)
�
&ݤcase(t$,what)
0	b$=""
:�c1=1 ��t$
Dm$=�t$,c1,1)
Nc=�(m$)
X �what=1 �c>96 �c<123 �c=c-32
b*�(what=2 � what=3) �c>64 �c<91 �c=c+32
l&�what=2 �c>96 �c<123 �c1=1 �c=c-32
v�c>0 �b$=b$+�(c)
��c1
�=b$
�ݤfunctional_group
�match=0:best=0
��c2=1 �np_fns
�len=�fn$(c2,0)
�9�fn$(c2,0)=�n$,len) �len �len>best �best=len:match=c2
��c2
�
=match
���extrafnstuff
�
best=0
��c3=1 �np_mul
�len=�multiple$(c3)
W�len �pos-len+1>0 �multiple$(c3)=�n$,pos-len+1,len) �len>best �multbond=c3:best=len
�c3
(�multbond �pos-=�multiple$(multbond)
 6num$="":c4=pos:curc$=�n$,c4,1):type=�letter(curc$)
*
�type=0 �
4�
>-�type=0 � type=3 � num$+=curc$:lastpos=c4
H-c4-=1:curc$=�n$,c4,1):type=�letter(curc$)
R� type=1 � c4<1
\%�storeposs(�reverse(num$)):pos=c4
f�
p
best=0
z
�c5=1 �10
�len=�more$(c5)
�:�len>best �len ��n$,pos-len+1,len)=more$(c5) �best=len
�=� �n$,pos-len+1,len)="YL" �fndetail$(fn,2)<>"YL" � best=0
��c5
�pos=pos-best
��
��
���storeposs(t$)
�num$="":c2=1
��c1=1 ��t$
�!m$=�t$,c1,1):type=�letter(m$)
�
�type=3 �
�$fnposs(c2)=�(num$):c2+=1:num$=""
�
num$+=m$
�num$="0" �error$+="B"
$�
.�c1
8fnposs(c2)=�(num$)
B�
Lݤchainlength
V
best=0
`�c1=1 �np_len
jlen=�length$(c1)
tF�len ��n$,pos-len+1,len)=length$(c1) �len>best �length=c1:best=len
~�c1
�=length
�ݤletter(ch$)
�chc=�(ch$)
�
out=-1
��chc>47 �chc<58 �out=0
�0�(chc>64 �chc<91) � (chc>96 �chc<123) �out=1
��chc=44 �out=3
��chc=45 �out=4
�=out
�ݤreverse(text$)
�textout$=""
��c2=�text$ �1 � -1
textout$+=�text$,c2,1)

�c2

=textout$
��break_down_beginning
(bg$=�n$,pos)
2n=1
<�c1=1 ��bg$
F"m$=�bg$,c1,1):type=�letter(m$)
P
�type=0 �
Zn2=1:num$=""
d�
n�type=0 �num$+=m$
x�type=1 � type=3 � c1=pos �
�$nums(n,n2)=�(num$):num$="":n2+=1
��
�*c1=c1+1:m$=�bg$,c1,1):type=�letter(m$)
�� type=1 � c1>=pos
�nums(n,n2)=�(num$)
��
�mult=0:best=0
��c2=1 �np_mul
�len=�multiple$(c2)
�@�bg$,c1,len)=multiple$(c2) �len �len>best �mult=c2:best=len
��c2
��mult �
�*details(n,0)=mult:c1+=�multiple$(mult)
�
side=0:best=0
�c2=1 �np_len
"len=�length$(c2)
,�len �len>best �
66�length$(c2)+"YL"=�bg$,c1,len+2) �side=c2:best=len
@8�length$(c2)+"OXY"=�bg$,c1,len+3) �ester=c2:best=len
J�
T�c2
^5�side � details(n,1)=-side:c1=c1+�length$(side)+2
h!�ester �c1+=�length$(ester)+3
r
halo=0
|�side=0 �ester=0 �
�
best=0
��c2=1 �np_hal
�len=�halogen$(c2,0)
�A�len>best �len �halogen$(c2,0)=�bg$,c1,len) �halo=c2:best=len
��c2
�3�halo � details(n,1)=halo:c1+=�halogen$(halo,0)
��
�n+=1
��halo+side+ester �c1=c1-1
�#�halo+side+ester=0 �error$+="U"
��c1
��
�ݤremovespaces(text$)
out$=""
�c8=1 ��text$
$m$=�text$,c8,1):type=�letter(m$)
&"�type<4 �type>-1 �out$=out$+m$
0�c8
:	=out$
Dݤremove2(text$)
Nout$=""
X�c8=1 ��text$
bm$=�text$,c8,1)
l�m$<>" " �out$=out$+m$
v�c8
�	=out$
���clean_up_data
�"�cyclic �length<3 �error$+="C"
��n=1 �np_num
�#�details(n,0)=0 �details(n,0)=1
�@�fn$(fn,0)="ONE" �(fnposs(1)=1 � fnposs(1)=len) �error$+="k"
�*�length<3 �details(n,1)<0 �error$+="D"
�c=0
��
�L�(nums(n,c)=1 � nums(n,c)=length) �details(n,1)<0 �cyclic=0 �error$+="E"
�"�nums(n,c)>length �error$+="P"
�c+=1
�� nums(n,c)=0 � c=np_num
�details(n,0)>c-1 �
-�details(n,1)<0 �cyclic=0 �sure=2 �sure=1
count=�free(sure)
 �c1=c �details(n,0)
*'�count=0 �sure+=1:count=�free(sure)
4count-=1
>nums(n,c1)=sure
H�c1
R�
\�n
f�
p��cleanfnposs
z�n3=1 �np_num
�/�fnposs(n3) �fnposs(n3)>length �error$+="G"
��n3
��
���assign_positions
��n=1 �length
��n2=1 �np_bgs
�n3=1
��
��n=nums(n2,n3) �
�:�details(n2,1)>0 ��carbon(n,halogen$(details(n2,1),2))
�6�details(n2,1)<0 ��carbon(n,�(-details(n2,1))+"#")
��
�	n3+=1
	� nums(n2,n3)=0
	�n2
	�n2=1 �np_num
	$�fnposs(n2)=n �
	.�n3=0 �1
	8�fnbond(fn,n3)>1 �
	Bex$=�(fnbond(fn,n3))+"/"
	L�n4=1 �fnbond(fn,n3)-1
	V�carbon(n,">")
	`�n4
	j�
	t
ex$=""
	~�
	�3�fnbond(fn,n3) ��carbon(n,fndetail$(fn,n3)+ex$)
	��n3
	��
	��n2
	��n
	��n=1 �length
	��n2=1 �4
	�*�carbons$(n,n2)="" �carbons$(n,n2)="H"
	��n2
	��n
	��
	���carbon(cb,item$)
c=0

�
c+=1
� carbons$(cb,c)="" � c=4
(1�carbons$(cb,4)>"" �error$=error$+"F":full=cb
2carbons$(cb,c)=item$
<�
F��sortbonds
PZ�attr(fn,4)>1 �(multbond>length-1 �cyclic=0) � (cyclic �multbond>length) �error$+="B"
Z�fnposs(2)=0 �multbond>1 �
d'�n=2 �multbond:bonds(n)=�attr(fn,4)
nfnposs(n)=n
x�n
��
��length>1 �
��attr(fn,4)>1 �
��n2=1 �length
��c8=1 �np_bgs
�5�fnposs(c8)=length �cyclic=0 �fnposs(c8)=length-1
�#�fnposs(c8)>length �error$+="B"
�)�n2=fnposs(c8) �bonds(n2)=�attr(fn,4)
��fnposs(c8)=0 �c8=np_bgs
��c8
��n2
��
��n2=1 �length
�carbon(n2,">")

type=2
�n2=1 �type=1
"�n2=length �type=3
,,�type=2 � cyclic � benz ��carbon(n2,">")
6�benz ��carbon(n2,">")
@�bonds(n2)>1 �
J�c3=2 �bonds(n2)
T
next=0
^�n2<length �next=n2+1
h�n2=length �cyclic �next=1
r�carbon(n2,">")
|�next ��carbon(next,">")
��c3
��
��n2
��
��
�ݤused(cbn)
�
used=0
��c1=1 �4
�#�carbons$(cbn,c1)<>">" �used+=1
��c1
�	=used
�ݤstructural(start,finish)
�stru$=""
�n2=start �finish
$�bonds(n2-1)=2 �n2-1 �stru$+="="
2stru$+=cs$(n2):many=�howmany(n2,"H"):carb$="H"
&$�many �stru$+="H":�countersystem
0�c3=1 �4
:carb$=carbons$(n2,c3)
DB�carb$,"*") ��carb$,�carb$,"*"),2)="  ":carb$=�remove2(carb$)
N)�carb$<>">" �carb$<>"H" ��(carb$)=0 �
XD�carb$,"/") ��carb$,�carb$,"/")-1,2)="  ":carb$=�remove2(carb$)
bstru$+=carb$
l�countersystem
v�
��c3
�count=0
�
lcarb$=""
��c3=1 �4
�carb$=carbons$(n2,c3)
�methyl=�(carb$)
�
�methyl �
�,�methyl>1 �notone$=�(methyl) �notone$=""
�>�count=0 �stru$=stru$+"(C"+notone$+"H"+�((methyl*2)+1)+")"
��countersystem
��
��c3
��n2


=stru$

��countersystem

many=�howmany(n2,carb$)

 7�many>1 �carb$>"" �stru$=stru$+�(many):c3+=(many-1)

*�

4ݤfindtext(text$)

>check=�n$,text$)

H9�check �pos=pos-�text$:�n$,check,�text$)=ĩtext$," ")

R
=�(check)

\��parrot

f
polypos=0

p�n2=1 �length

z�bonds(n2)=2 �polypos=n2

��n2

�bonds(polypos)=1

��polypos=0 �

�error$+="H"

��

��reduce(polypos)

�
�rep=0 �1

�=loc=�find(polypos+rep,">"):carbons$(polypos+rep,loc)="1/"

�OȔ carbons$(polypos+rep,loc),carbons$(polypos+rep,2+�find(polypos+rep,">"))

��rep

��shiftdata(polypos-1)

�length=2

��
�
��reduce(polypos)
�length>polypos+1 �
$where=�find(polypos+1,">")
.'�length-polypos>2 �ex$="*3" �ex$=""
8?carbons$(polypos+1,where)=�structural(polypos+2,length)+ex$
Bd�bonds(polypos+1)>1 �carbons$(polypos+1,where)=carbons$(polypos+1,where)+�(bonds(polypos+1))+"/"
L�
V�polypos>1 �
`where=�find(polypos,">")
j �polypos>2 �ex$="*1" �ex$=""
t8carbons$(polypos,where)=�structural(1,polypos-1)+ex$
~`�bonds(polypos-1)>1 �carbons$(polypos,where)=carbons$(polypos,where)+�(bonds(polypos-1))+"/"
��
��
���shiftdata(shift)
��n=1 �length
��c3=1 �4
�?carbons$(n,c3)=carbons$(n+shift,c3):bonds(n)=bonds(n+shift)
��c3
��n
��
���metsearch
�	met=0
��c8=1 �np_met
5�findtext(metal$(c8,0)) �metal$(c8,0)>"" �met=c8

�c8
�
ݤfind(n,text$)
(	pos=0
2�c8=1 �4
<!�carbons$(n,c8)=text$ �pos=c8
F�c8
P=pos
Zݤhowmany(n,text$)
d
many=0
n�c8=1 �4
x"�carbons$(n,c8)=text$ �many+=1
��c8
�	=many
���ester
�Bcs$(ester+1)="O":carbons$(ester+1,3)="":carbons$(ester+1,4)=""
��
���phenolize
�'f=4:f=�find(1,"H"):carbons$(1,f)=""
�[rest$=�structural(1,length):length=6:cyclic=1:benz=1:fnposs()=0:fn=0:nums()=0:bonds()=0
�Bcarbons$()="":�sortbonds:�assign_positions:carbons$(1,4)=rest$
��
���cistrans
�
polypos=0
��n=1 �length
�bonds(n)=2 �polypos=n
�n
�polypos �
"�reduce(polypos)
,length=2
6
�cis �
@Z�carbons$(polypos,3)=carbons$(polypos+1,4) �Ȕ carbons$(polypos,3),carbons$(polypos,4)
J�
TZ�carbons$(polypos,3)=carbons$(polypos+1,3) �Ȕ carbons$(polypos,3),carbons$(polypos,4)
^Z�carbons$(polypos,4)=carbons$(polypos+1,4) �Ȕ carbons$(polypos,4),carbons$(polypos,3)
h�
r�shiftdata(polypos-1)
|�
�error$+="T"
��
��
���errorreport(err$)
�err$=�case(err$,1)
�errout$=""
��n2=1 ��err$
��c8=1 �np_err
�;�err$,n2,1)=�case(errort$(c8,0),1) ��errk$,c8,1)="0" �
�asc=�(errort$(c8,0))
��asc>64 �asc<91 �fatal=1
��errk$,c8,1)="1"
�errout$=errort$(c8,1)
1�errort$(c8,0)="f" �extra$=�(full) �extra$=""
�
�c8
&�n2
0�errout$>"" �display �
:0�icontext(mess%,0,�errout$,�errout$,"#")-1))
D>�icontext(mess%,1,�errout$,�errout$-�errout$,"#"))+extra$)
N�openwin(mess%)
X�
b�
lݤputbacktogether(time)
vneat$=""
��ester �
�B=�case(length$(ester),2)+"oxy"+�case(length$(length2),2)+"ane"
��
�"�phenyl+cis+trans+poly �time �
�"�phenyl �neat$+="Phenyl"+prev$
��cis �neat$+="Cis"+prev$
� �trans �neat$+="Trans"+prev$
�#�poly �neat$+="Poly("+prev$+")"
��
�*�cyclic ��attr(fn,2)=0 �neat$+="Cyclo"
�1�attr(fn,0) �neat$+=�case(length$(length),2)
�#neat$+=�case(fndetail$(fn,2),3)
�)�fnposs(2) ��attr(fn,4)>1 �neat$+="a"
pos$=�positions
��(length>1 ��attr(fn,1) �(fndetail$(fn,0)<>"" � �attr(fn,4)>1)) � (�attr(fn,1)=0 �(�pos$>1 � �(pos$)>1))  �neat$+="-"+pos$+"-"
count=0
 �
*count+=1
4� fnposs(count)=0
>count-=1
H.�count>1 �neat$+=�case(multiple$(count),2)
R#�fn$(fn,0)>4 �style=2 �style=3
\!neat$+=�case(fn$(fn,0),style)
f�
p�orderinit
z
bg$=""
��group �
�S�((cis+trans+phenyl+poly) �time=0) � (poly+cis+trans+phenyl)=0 ��beginningstuff
��
�:�met �exmetal$=�case(metal$(met,0),2)+" " �exmetal$=""
�=exmetal$+bg$+neat$
��
���orderinit
��n=1 �np_bgs
�det=details(n,1)
�%�det>0 �order$(n)=halogen$(det,0)
�(�det<0 �order$(n)=length$(-det)+"YL"
��det=0 �group=n-1:n=np_bgs
��n
�n2=1 �group
orderpos(n2)=n2
�n2
$�group>1 �
.�n2=1 �group
8�n=1 �group-1
B"�(order$(n))>�(order$(n+1)) �
LȔ order$(n),order$(n+1)
V Ȕ orderpos(n),orderpos(n+1)
`�
j�n
t�n2
~�
��
�
��sort
�c3=0
��
�	c3+=1
�� nums(ref,c3)=0
�
many=c3-1
��c3=1 �many
��c4=1 �many-1
�@�nums(ref,c4)>nums(ref,c4+1) �Ȕ nums(ref,c4),nums(ref,c4+1)
��c4
��c3
�

��beginningstuff

bg$=""
�n=1 �group
(&ref=orderpos(n):det=details(ref,1)
2�nums(ref,2) ��sort
<c3=1
Fpos2$=""
P�
Zpos2$+=�(nums(ref,c3))+","
d	c3+=1
n� nums(ref,c3)=0
x bg$=bg$+�pos2$,�pos2$-1)+"-"
�3�c3-1<=np_mul �bg$=bg$+�case(multiple$(c3-1),2)
�Q�det>0 �bg$=bg$+�case(halogen$(det,0),2) �bg$=bg$+�case(length$(-det)+"YL",2)
��n<group �bg$=bg$+"-"
��n
��
�ݤbrack(t$)
�
t2$=""
��c4=1 ��t$
�m$=�t$,c4,1)
��m$<>"(" �m$<>")" �t2$+=m$
��c4
�=t2$
�
��sortpos
c1=0
�
	c1+=1
"� fnposs(c1)=0
,
many=c1-1
6�c1=1 �many
@�c2=1 �many-1
J8�fnposs(c2)>fnposs(c2+1) �Ȕ fnposs(c2),fnposs(c2+1)
T�c2
^�c1
h�
rݤpositions
|pos$="":c1=1
��
�%pos$=pos$+�(fnposs(c1))+",":c1+=1
�� fnposs(c1)=0
�=�pos$,�pos$-1)
���ifmet
�i�met �:found=�find(fnposs(1),"O-"): carbons$(fnposs(1),found)=carbons$(fnposs(1),found)+metal$(met,1)
��
���ifphenyl
�7�findtext("PHENYL") �phenyl=1:n$=�removespaces(n$)
��
�ݤfree(carb)
�
free=0
��c4=1 �4
"�carbons$(carb,c4)="" �free+=1
�c4
	=free
&
ݤprimary
0prim=0:where=fnposs(1)
:�cyclic �prim+=2
D9�cyclic=0 �(where=length � where=1) �prim+=1 �prim+=2
N�n=1 �4
X%�carbons$(where,n),"#") �prim+=1
b�n
lprim$="(Primary)"
v �prim=2 �prim$="(Secondary)"
��prim=3 �prim$="(Tertiary)"
�
=prim$
�ݤattr(fn,bit)
��bit<3 �=attr(fn)�(2^bit)
��bit=3 �=(attr(fn)�8)�31
��bit=4 �=(attr(fn)�256)�7
��bit=5 �=(attr(fn)�2048)�1
��bit=6 �=(attr(fn)�4096)�7
�
��demo
�R=�(np_dem)
�c=0
�f=�("<Carbon$Dir>.demo")
��:c+=1:A$=�#f:�R=c ��#f
�#f
�decode_control(A$,1)
�=0
 �
�

00000000  0d 00 0a 0c f4 20 44 65  63 6f 64 65 0d 00 14 14  |..... Decode....|
00000010  f4 20 a9 20 41 2e 47 72  61 6e 67 65 72 20 39 38  |. . A.Granger 98|
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00000030  65 5f 63 6f 6e 74 72 6f  6c 28 6e 24 2c 64 69 73  |e_control(n$,dis|
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00001e00  65 72 72 6f 72 24 2b 3d  22 48 22 0d 0d ac 05 cc  |error$+="H".....|
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00001e30  31 0d 0d ca 3d 6c 6f 63  3d a4 66 69 6e 64 28 70  |1...=loc=.find(p|
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00001e70  d4 4f c8 94 20 63 61 72  62 6f 6e 73 24 28 70 6f  |.O.. carbons$(po|
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00001ea0  72 65 70 2c 32 2b a4 66  69 6e 64 28 70 6f 6c 79  |rep,2+.find(poly|
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00001ec0  08 ed 72 65 70 0d 0d e8  19 f2 73 68 69 66 74 64  |..rep.....shiftd|
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00001ee0  f2 0c 6c 65 6e 67 74 68  3d 32 0d 0d fc 05 cd 0d  |..length=2......|
00001ef0  0e 06 05 e1 0d 0e 10 15  dd f2 72 65 64 75 63 65  |..........reduce|
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00001fe0  70 6f 6c 79 70 6f 73 2b  31 2c 77 68 65 72 65 29  |polypos+1,where)|
00001ff0  2b c3 28 62 6f 6e 64 73  28 70 6f 6c 79 70 6f 73  |+.(bonds(polypos|
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00002010  10 e7 70 6f 6c 79 70 6f  73 3e 31 20 8c 0d 0e 60  |..polypos>1 ...`|
00002020  1c 77 68 65 72 65 3d a4  66 69 6e 64 28 70 6f 6c  |.where=.find(pol|
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00002090  24 0d 0e 7e 60 e7 62 6f  6e 64 73 28 70 6f 6c 79  |$..~`.bonds(poly|
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00002170  ed 63 33 0d 0e ce 06 ed  6e 0d 0e d8 05 e1 0d 0e  |.c3.....n.......|
00002180  e2 0f dd f2 6d 65 74 73  65 61 72 63 68 0d 0e ec  |....metsearch...|
00002190  09 6d 65 74 3d 30 0d 0e  f6 11 e3 63 38 3d 31 20  |.met=0.....c8=1 |
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000021e0  ed 63 38 0d 0f 14 05 e1  0d 0f 1e 13 dd a4 66 69  |.c8...........fi|
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00002250  74 65 78 74 24 29 0d 0f  64 0a 6d 61 6e 79 3d 30  |text$)..d.many=0|
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00002280  74 65 78 74 24 20 8c 6d  61 6e 79 2b 3d 31 0d 0f  |text$ .many+=1..|
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00002300  0f be 27 66 3d 34 3a 66  3d a4 66 69 6e 64 28 31  |..'f=4:f=.find(1|
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